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使用GPU加速RELION進行生物結構解析

NVIDIA英偉達企業解決方案 ? 來源:NVIDIA英偉達企業解決方案 ? 作者:NVIDIA英偉達企業解 ? 2022-06-22 10:06 ? 次閱讀

NVIDIA 與智東西公開課共同策劃推出「GPU 加速高性能計算(HPC)經典應用在線研討會」。研討會將聚焦經典高性能計算和科學計算應用,以及如何在 GPU 平臺更好的加速這些應用。

6 月 22 日,「GPU 加速高性能計算(HPC)經典應用在線研討會」第二場將開講。

此次研討會將重點探討冷凍電鏡三維圖像數據處理軟件 RELION、電子結構計算和納米尺度材料建模的開源計算軟件包 Quantum Espresso 和 HPC 數據可視化工具 ParaView & IndeX 在 GPU 上的安裝、部署和優化加速方法。

主要內容

高性能計算在重大科學發現的前沿基礎科學研究領域已逐漸成為不可或缺的重要手段之一。從分子動力學模擬、生物制藥、材料電子結構計算、材料模擬到生命科學,都離不開高性能計算的支持。

高性能計算和科學計算的過程往往伴隨著龐大的數據量以及高計算力需求,也誕生了一些面向不同領域的應用軟件,比如 LAMMPS、 GROMACS、 VASP 和 NAMD 等,能夠幫助科學家跨領域開展工作,加快科學發現速度。

這些應用軟件都針對 GPU 進行了專門優化,同時可以借助 CUDA、 OpenACC 和 GPU 加速的數學庫來提升運行效率。因此,科學家可以利用 GPU 實現更快的結果,同時大幅減少編程工作量。有實踐表明,針對分子動力學、量子化學、生命科學等前沿基礎科學研究,代碼在 GPU 上的運行速度將能提升 3~10 倍。

本次研討會將重點探討冷凍電鏡三維圖像數據處理軟件 RELION、電子結構計算和納米尺度材料建模的開源計算軟件包 Quantum Espresso 和 HPC 數據可視化工具 ParaView & IndeX 在 GPU 上的安裝、部署和優化加速方法。

在線研討會時間

6 月 22 日,星期三,13:30 – 16:15

重磅話題

使用 GPU 加速 RELION 進行生物結構解析

GPU 加速 Quantum Espresso 進展及應用

GPU 加速 ParaView & IndeX 可視化體數據

演講嘉賓

石道辰

NVIDIA 解決方案架構師

負責 NVIDIA 高校與教育科研的合作項目與研究。主要研究與工作方向涵蓋高性能計算編程實現與 CUDA/OpenACC 程序優化;高性能計算或者人工智能在生物學當中的應用;深度學習與系統應用、計算機視覺視頻分析等。

況呂林

NVIDIA 解決方案架構師

負責 NVIDIA 教育科研等行業 GPU 計算解決方案設計與應用研究,方向包括 GPU 在高性能計算、深度學習和數據科學等領域的應用, CUDA/OpenACC 的應用程序移植和性能優化, GPU 的分布式并行計算加速等方面。

匡磊

NVIDIA 解決方案架構師

曾就讀于北京郵電大學、美國哥倫比亞大學,主要方向為機器人與人工智能,高性能可視化等。

原文標題:公開課 | GPU 加速高性能計算經典應用研討會 (二)

文章出處:【微信公眾號:NVIDIA英偉達企業解決方案】歡迎添加關注!文章轉載請注明出處。

審核編輯:湯梓紅

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原文標題:公開課 | GPU 加速高性能計算經典應用研討會 (二)

文章出處:【微信號:NVIDIA-Enterprise,微信公眾號:NVIDIA英偉達企業解決方案】歡迎添加關注!文章轉載請注明出處。

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