Nios Ⅱ處理器具有完善的軟件開發套件，包括編譯器、集成開發環境（IDE）、JTAG調試器、實時操作系統（RTOS）和TCP/IP協議棧。設計者能夠用Altera Quartus Ⅱ開發軟件中的SOPC Builder系統開發工具很容易地創建專用的處理器系統，并能夠根據系統的需求添加Nios Ⅱ處理器核的數量。